文章目录

1 材料与方法

1.1 细胞株

1.2 主要试剂

1.3 方法

    1.3.1 细胞培养

    1.3.2 PC-9/ER耐药细胞株的建立

    1.3.3 MTT实验

    1.3.4 转录组RNA测序

    1.3.5 测序数据过滤

    1.3.6 差异表达基因分析

    1.3.7 qRT-PCR

1.4 统计学分析

2 结果

2.1 PC-9/ER细胞的耐药性检测

2.2 PC-9/ER耐药细胞株基因表达谱的差异

2.3 GO富集分析

2.4 KEGG富集分析

2.5 qRT-PCR验证差异性表达基因

3 讨论

文章摘要:目的:通过RNA测序分析比较亲本PC-9细胞和厄洛替尼获得性耐药PC-9细胞（PC-9/ER）表达谱的差异,揭示非小细胞肺癌（NSCLC）表皮生长因子受体酪氨酸激酶抑制剂（EGFR-TKI）耐药的潜在机制。方法:采用间歇诱导方法,建立PC-9/ER耐药细胞株,通过MTT实验绘制厄洛替尼药物浓度-细胞存活率曲线。通过RNA测序分析PC-9/ER细胞的差异表达基因并进行GO和KEGG功能富集分析;通过qRT-PCR进一步筛选可能参与EGFR-TKI耐药的潜在基因或可能的靶点。结果:厄洛替尼对PC-9/ER细胞增殖的抑制率显著低于PC-9细胞的抑制率,PC-9/ER细胞的耐药指数为41.92。与PC-9细胞相比,RNA测序PC-9/ER细胞筛选出1 028个差异表达基因,其中720个基因表达上调,308个基因表达下调,而且差异表达基因显著富集在PI3K-AKT通路和癌症通路。qRT-PCR验证差异表达基因的转录水平与测序结果基本一致。结论:ST6GALNAC3、CYP1A1、PAPPA2、INHBE和ACSS3等基因可能参与EGFR-TKI的耐药过程,针对PC-9/ER细胞差异表达基因的后续实验可能为将来改善NSCLC的靶向治疗进一步提供实验和理论依据。

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